Π£ Π½Π°Ρ Π²Ρ ΠΌΠΎΠΆΠ΅ΡΠ΅ ΠΏΠΎΡΠΌΠΎΡΡΠ΅ΡΡ Π±Π΅ΡΠΏΠ»Π°ΡΠ½ΠΎ ΠΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΊΠ°: ΠΠ°ΠΊ Π½Π°ΠΉΡΠΈ Π³Π΅Π½Ρ Π² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ΅ Π±Π°ΠΊΡΠ΅ΡΠΈΠΈ? ΠΠΈΡΠ΅ΠΌ Π°Π»Π³ΠΎΡΠΈΡΠΌ ΠΏΠΎΠΈΡΠΊΠ° Π³Π΅Π½ΠΎΠ² Ρ Π½ΡΠ»Ρ Π½Π° Python ΠΈΠ»ΠΈ ΡΠΊΠ°ΡΠ°ΡΡ Π² ΠΌΠ°ΠΊΡΠΈΠΌΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠΌ Π΄ΠΎΡΡΡΠΏΠ½ΠΎΠΌ ΠΊΠ°ΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅, Π²ΠΈΠ΄Π΅ΠΎ ΠΊΠΎΡΠΎΡΠΎΠ΅ Π±ΡΠ»ΠΎ Π·Π°Π³ΡΡΠΆΠ΅Π½ΠΎ Π½Π° ΡΡΡΠ±. ΠΠ»Ρ Π·Π°Π³ΡΡΠ·ΠΊΠΈ Π²ΡΠ±Π΅ΡΠΈΡΠ΅ Π²Π°ΡΠΈΠ°Π½Ρ ΠΈΠ· ΡΠΎΡΠΌΡ Π½ΠΈΠΆΠ΅:
ΠΡΠ»ΠΈ ΠΊΠ½ΠΎΠΏΠΊΠΈ ΡΠΊΠ°ΡΠΈΠ²Π°Π½ΠΈΡ Π½Π΅
Π·Π°Π³ΡΡΠ·ΠΈΠ»ΠΈΡΡ
ΠΠΠΠΠΠ’Π ΠΠΠΠ‘Π¬ ΠΈΠ»ΠΈ ΠΎΠ±Π½ΠΎΠ²ΠΈΡΠ΅ ΡΡΡΠ°Π½ΠΈΡΡ
ΠΡΠ»ΠΈ Π²ΠΎΠ·Π½ΠΈΠΊΠ°ΡΡ ΠΏΡΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΡ ΡΠΎ ΡΠΊΠ°ΡΠΈΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ΠΌ Π²ΠΈΠ΄Π΅ΠΎ, ΠΏΠΎΠΆΠ°Π»ΡΠΉΡΡΠ° Π½Π°ΠΏΠΈΡΠΈΡΠ΅ Π² ΠΏΠΎΠ΄Π΄Π΅ΡΠΆΠΊΡ ΠΏΠΎ Π°Π΄ΡΠ΅ΡΡ Π²Π½ΠΈΠ·Ρ
ΡΡΡΠ°Π½ΠΈΡΡ.
Π‘ΠΏΠ°ΡΠΈΠ±ΠΎ Π·Π° ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΡΠ΅ΡΠ²ΠΈΡΠ° ClipSaver.ru
𧬠ΠΠ ΠΠΠ’ΠΠ§ΠΠ‘ΠΠΠ― ΠΠΠΠΠΠ€ΠΠ ΠΠΠ’ΠΠΠ: ΠΠΠΠ‘Π ΠΠΠΠΠ Π ΠΠΠΠ’ΠΠ ΠΠΠΠ¬ΠΠΠ ΠΠΠΠΠΠ Π ΡΡΠΎΠΉ Π»Π΅ΠΊΡΠΈΠΈ ΠΌΡ Ρ Π½ΡΠ»Ρ Π½Π°ΠΏΠΈΡΠ΅ΠΌ Π°Π»Π³ΠΎΡΠΈΡΠΌ ΠΏΠΎΠΈΡΠΊΠ° Π³Π΅Π½ΠΎΠ² Π² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ΅ Escherichia coli, ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΡΡ ΡΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ Python ΠΈ Π½ΠΈΠΊΠ°ΠΊΠΈΡ Π³ΠΎΡΠΎΠ²ΡΡ Π±ΠΈΠ±Π»ΠΈΠΎΡΠ΅ΠΊ. Π£Π·Π½Π°Π΅ΠΌ, ΠΏΠΎΡΠ΅ΠΌΡ Π½Π°ΠΉΡΠΈ Π³Π΅Π½ - ΡΡΠΎ Π½Π΅ ΡΠ°ΠΊ ΠΏΡΠΎΡΡΠΎ, ΠΊΠ°ΠΊ ΠΊΠ°ΠΆΠ΅ΡΡΡ! π― Π§Π’Π ΠΠ« Π£ΠΠΠΠΠ’Π: ΠΠ°ΠΊ ΡΠ°Π±ΠΎΡΠ°ΡΡ Ρ Π΄Π°Π½Π½ΡΠΌΠΈ NCBI ΠΈ ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠ°ΠΌΠΈ FASTA/GFF Π§ΡΠΎ ΡΠ°ΠΊΠΎΠ΅ ΠΎΡΠΊΡΡΡΡΠ΅ ΡΠ°ΠΌΠΊΠΈ ΡΡΠΈΡΡΠ²Π°Π½ΠΈΡ (ORF) ΠΈ ΡΡΠ°ΡΡ-ΠΊΠΎΠ΄ΠΎΠ½Ρ ΠΠΎΡΠ΅ΠΌΡ Π³Π΅Π½Ρ ΠΌΠΎΠ³ΡΡ ΠΏΠ΅ΡΠ΅ΡΠ΅ΠΊΠ°ΡΡΡΡ ΠΈ Π±ΡΡΡ Π²Π»ΠΎΠΆΠ΅Π½Π½ΡΠΌΠΈ ΠΠ°ΠΊ ΠΎΡΠ΅Π½ΠΈΡΡ ΠΊΠ°ΡΠ΅ΡΡΠ²ΠΎ ΠΏΡΠ΅Π΄ΡΠΊΠ°Π·Π°Π½ΠΈΡ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² (precision, recall) Π€ΠΈΠ»ΠΎΡΠΎΡΡΠΊΠΈΠ΅ Π²ΠΎΠΏΡΠΎΡΡ Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΊΠΈ: Π΄ΠΎΡΡΠ°ΡΠΎΡΠ½ΠΎ Π»ΠΈ ΠΠΠ-ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°ΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΠΈ? π» ΠΠ ΠΠΠ’ΠΠ§ΠΠ‘ΠΠΠ― Π§ΠΠ‘Π’Π¬: ΠΠ°ΡΡΠΈΠ½Π³ FASTA ΠΈ GFF ΡΠ°ΠΉΠ»ΠΎΠ² Π½Π° ΡΠΈΡΡΠΎΠΌ Python ΠΠ»Π³ΠΎΡΠΈΡΠΌ ΠΏΠΎΠΈΡΠΊΠ° Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΏΠΎ ΡΡΠ°ΡΡ- ΠΈ ΡΡΠΎΠΏ-ΠΊΠΎΠ΄ΠΎΠ½Π°ΠΌ Π Π°Π±ΠΎΡΠ° Ρ Google Colab Π΄Π»Ρ Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΊΠΈ ΠΠ½Π°Π»ΠΈΠ· ΠΎΡΠΈΠ±ΠΎΠΊ ΠΈ ΡΠΏΠΎΡΠΎΠ±Ρ ΡΠ»ΡΡΡΠ΅Π½ΠΈΡ Π°Π»Π³ΠΎΡΠΈΡΠΌΠ° π¬ ΠΠΠ£Π§ΠΠ«Π ΠΠΠΠ¦ΠΠΠ¦ΠΠ: Π Π°Π·Π»ΠΈΡΠΈΡ ΠΌΠ΅ΠΆΠ΄Ρ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌ ΠΈ CDS ΠΡΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΠ° Π°Π½Π½ΠΎΡΠ°ΡΠΈΠΈ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠΎΠ² ΠΠ»ΡΡΠ΅ΡΠ½Π°ΡΠΈΠ²Π½ΡΠ΅ ΡΡΠ°ΡΡ-ΠΊΠΎΠ΄ΠΎΠ½Ρ ΠΠ·ΠΎΡΠΎΡΠΌΡ ΠΈ ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠ° ΠΠ°ΠΊΡΠΎΡΠ²ΠΎΠ»ΡΡΠΈΡ ΠΈ Π²ΠΈΠ΄ΠΎΡΠΏΠ΅ΡΠΈΡΠΈΡΠ½ΠΎΡΡΡ β° ΠΠ ΠΠΠΠΠΠ«Π ΠΠΠ’ΠΠ: 00:00 ΠΠ²Π΅Π΄Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΈ ΡΠΈΠ»ΠΎΡΠΎΡΠΈΡ ΠΊΡΡΡΠ° 02:15 ΠΠΎΠ½ΡΠ΅ΠΏΡΠΈΡ "ΠΏΠΈΡΠ°ΡΡ ΠΊΠΎΠ΄, Π° Π½Π΅ ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΠΎΠ²Π°ΡΡ Π³ΠΎΡΠΎΠ²ΡΠ΅ ΠΈΠ½ΡΡΡΡΠΌΠ΅Π½ΡΡ" 04:30 Π ΠΏΡΠ΅ΠΏΠΎΠ΄Π°Π²Π°ΡΠ΅Π»Π΅ ΠΈ ΠΈΡΡΠΎΡΠΈΠΈ Π°Π³Π»Π°Π± 08:45 ΠΠ½Π°ΠΊΠΎΠΌΡΡΠ²ΠΎ ΡΠΎ ΡΡΡΠ΄Π΅Π½ΡΠ°ΠΌΠΈ 23:40 ΠΠ΅ΡΠ΅Ρ ΠΎΠ΄ ΠΊ ΠΎΡΠ½ΠΎΠ²Π½ΠΎΠΉ ΡΠ΅ΠΌΠ΅ 24:20 ΠΡΠ΅ΡΠ°ΡΠ½ΡΡ Π»Π΅ΠΊΡΠΈΡ ΠΏΠΎ ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ»ΡΡΠ½ΠΎΠΉ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ 28:35 Π€ΠΈΠ»ΠΎΡΠΎΡΡΠΊΠΈΠΉ Π²ΠΎΠΏΡΠΎΡ: ΡΡΠΎ ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎ ΡΠ·Π½Π°ΡΡ ΠΈΠ· Π±ΡΠΊΠ² ΠΠΠ? 32:15 ΠΠΎΡΡΠ°Π½ΠΎΠ²ΠΊΠ° Π·Π°Π΄Π°ΡΠΈ: ΠΏΠΎΠΈΡΠΊ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² Π² E.coli 35:20 Π Π°Π±ΠΎΡΠ° Ρ NCBI 36:45 ΠΠΎΠΈΡΠΊ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° E.coli Π² Π±Π°Π·Π΅ Π΄Π°Π½Π½ΡΡ 39:44 Π‘ΠΊΠ°ΡΠΈΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ FASTA ΡΠ°ΠΉΠ»Π° 42:30 ΠΠ°ΡΡΠΈΠ½Π³ FASTA Ρ ΠΏΠΎΠΌΠΎΡΡΡ ΠΠ 45:15 ΠΠΎΠΈΡΠΊ ΠΌΠ΅ΡΠΈΠΎΠ½ΠΈΠ½ΠΎΠ² (ΠΏΠ΅ΡΠ²Π°Ρ ΠΎΡΠΈΠ±ΠΊΠ° - ATC Π²ΠΌΠ΅ΡΡΠΎ ATG) 50:30 ΠΡΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΠ° ΡΠ΅Π²Π΅ΡΡ-ΠΊΠΎΠΌΠΏΠ»Π΅ΠΌΠ΅Π½ΡΠ° 53:54 ΠΠ½Π°Π»ΠΈΠ· Π°Π½Π½ΠΎΡΠ°ΡΠΈΠΈ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° 56:25 ΠΠ²Π΅Π΄Π΅Π½ΠΈΠ΅ Π² GFF ΡΠΎΡΠΌΠ°Ρ 1:02:15 Π‘ΠΊΠ°ΡΠΈΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π°Π½Π½ΠΎΡΠ°ΡΠΈΠΈ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ° 1:07:04 ΠΠ½Π°Π»ΠΈΠ· ΡΠ°ΡΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΡ Π΄Π»ΠΈΠ½ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² 1:12:30 Π‘Π°ΠΌΡΠΉ ΠΊΠΎΡΠΎΡΠΊΠΈΠΉ ΠΈ ΡΠ°ΠΌΡΠΉ Π΄Π»ΠΈΠ½Π½ΡΠΉ Π³Π΅Π½Ρ 1:20:14 Π Π°Π·Π»ΠΈΡΠΈΠ΅ ΠΌΠ΅ΠΆΠ΄Ρ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌ ΠΈ CDS 1:25:35 ΠΠ°ΠΏΠΈΡΠ°Π½ΠΈΠ΅ Π°Π»Π³ΠΎΡΠΈΡΠΌΠ° ΠΏΠΎΠΈΡΠΊΠ° ORF 1:40:30 ΠΡΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΠ° Π²Π»ΠΎΠΆΠ΅Π½Π½ΡΡ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² 1:46:29 ΠΠ΅ΡΠ΅ΡΠ΅ΠΊΠ°ΡΡΠΈΠ΅ΡΡ Π³Π΅Π½Ρ Π² Π±Π°ΠΊΡΠ΅ΡΠΈΡΡ 1:55:52 ΠΠ΅ΡΠ΅Ρ ΠΎΠ΄ ΠΊ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΡ ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ° 2:07:04 Π Π°Π·ΠΌΠ΅Ρ Π°Π½Π½ΠΎΡΠ°ΡΠΈΠΈ ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ° vs Π±Π°ΠΊΡΠ΅ΡΠΈΠΈ 2:14:03 ΠΠ·ΠΎΡΠΎΡΠΌΡ ΠΈ ΠΎΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅ Π³Π΅Π½Π° 2:20:17 ΠΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠ° ΠΈ ΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΡ "ΠΏΠΎΠ²Π΅ΡΡ Π±ΡΠΊΠ²" 2:26:57 ΠΡΠ΅Π½ΠΊΠ° ΠΊΠ°ΡΠ΅ΡΡΠ²Π° ΠΏΡΠ΅Π΄ΡΠΊΠ°Π·Π°Π½ΠΈΡ 2:35:46 ΠΡΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΠ° Π½ΡΠΌΠ΅ΡΠ°ΡΠΈΠΈ (0 vs 1) 2:43:30 ΠΠ½Π°Π»ΠΈΠ· ΠΎΡΠΈΠ±ΠΎΠΊ Π°Π»Π³ΠΎΡΠΈΡΠΌΠ° 2:51:46 Π‘ΠΏΠΎΡΠΎΠ±Ρ ΡΠ»ΡΡΡΠ΅Π½ΠΈΡ: GC-ΡΠΎΡΡΠ°Π², ΠΏΡΠΎΠΌΠΎΡΠΎΡΡ, HMM 3:13:40 Π€ΠΈΠ»ΠΎΡΠΎΡΠΈΡ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ: ΠΈΡΠΊΠ»ΡΡΠ΅Π½ΠΈΡ ΠΈΠ· ΠΏΡΠ°Π²ΠΈΠ» 3:21:01 ΠΠΎΠΌΠ°ΡΠ½Π΅Π΅ Π·Π°Π΄Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΈ Π·Π°ΠΊΠ»ΡΡΠ΅Π½ΠΈΠ΅ 3:32:20 ΠΠΎΠΏΡΠΎΡΡ ΠΎ ΠΏΠ΅ΡΠ΅ΡΡΠ²Π°Ρ Π² ΠΏΠ°ΡΠ°Ρ π ΠΠΠ’ΠΠ ΠΠΠΠ« ΠΠ£Π Π‘Π: GitHub ΡΠ΅ΠΏΠΎΠ·ΠΈΡΠΎΡΠΈΠΉ: https://github.com/ad3002/masters-cou... Google Colab Π½ΠΎΡΡΠ±ΡΠΊ: https://github.com/ad3002/masters-cou... ΠΠΎΠ»Π½Π°Ρ ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΈΡ Π»Π΅ΠΊΡΠΈΠΈ: https://github.com/ad3002/masters-cou... ΠΠΎΠΌΠ°ΡΠ½Π΅Π΅ Π·Π°Π΄Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΈ ΠΊΠΎΠ½ΡΠΏΠ΅ΠΊΡ: https://github.com/ad3002/masters-cou... π Π ΠΠ£Π Π‘Π: ΠΡΠΎ ΠΏΠ΅ΡΠ²Π°Ρ Π»Π΅ΠΊΡΠΈΡ ΠΊΡΡΡΠ° ΠΏΡΠ°ΠΊΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠΉ Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΊΠΈ, Π³Π΄Π΅ ΠΌΡ ΠΈΠ·ΡΡΠ°Π΅ΠΌ Π½Π΅ Π³ΠΎΡΠΎΠ²ΡΠ΅ ΠΈΠ½ΡΡΡΡΠΌΠ΅Π½ΡΡ, Π° ΠΏΠΈΡΠ΅ΠΌ ΡΠ²ΠΎΠΈ Ρ Π½ΡΠ»Ρ. ΠΡΡΡ ΠΏΠΎΠ΄Ρ ΠΎΠ΄ΠΈΡ Π΄Π»Ρ ΡΡΡΠ΄Π΅Π½ΡΠΎΠ² Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ ΠΈ ΡΠ΅Ρ Π½ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ ΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΠ΅ΠΉ. π¨βπ« ΠΠ ΠΠΠΠΠΠΠΠ’ΠΠΠ¬: ΠΠ»Π΅ΠΊΡΠ΅ΠΉ ΠΠΎΠΌΠΈΡΡΠ°ΡΠΎΠ² - Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΊ, ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°ΡΠ΅Π»Ρ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠΈΠΊΠΈ ΠΈ ΡΠ²ΠΎΠ»ΡΡΠΈΠΈ π ΠΠΠΠΠΠΠ«Π Π‘Π‘Π«ΠΠΠ: NCBI Genome Database: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/ ΠΠΎΠΊΡΠΌΠ΅Π½ΡΠ°ΡΠΈΡ ΠΏΠΎ GFF ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΡ: https://en.wikipedia.org/wiki/General... ΠΠ²Π΅Π΄Π΅Π½ΠΈΠ΅ Π² FASTA ΡΠΎΡΠΌΠ°Ρ: https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_f... #Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΊΠ° #Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠΈΠΊΠ° #python #escherichia #Π³Π΅Π½Ρ #ΠΠΠ #ΠΏΡΠΎΠ³ΡΠ°ΠΌΠΌΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ #Π½Π°ΡΠΊΠ° #ΠΎΠ±ΡΠ°Π·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ #colab