Секвенирование изоформ транскриптов полной длины выявляет связанные с заболеванием изоформы РНК —... скачать в хорошем качестве

Секвенирование изоформ транскриптов полной длины выявляет связанные с заболеванием изоформы РНК —...

ЧЗ: ключевой принцип его работы над сердечными заболеваниями: альтернативный сплайсинг мРНК генерирует различные изоформы, увеличивая разнообразие и сложность. Половина случаев дилатационной кардиомиопатии носит семейный характер, у 1/3 из них обнаруживаются мутации в факторе сплайсинга RBM20, что приводит к особенно тяжелому течению заболевания. Какие именно изоформы транскриптов нарушены у мутантов RBM20? Для исследования ЧЗ создал мутантные кардиомиоциты, полученные из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (iPSC), и секвенировал их кДНК с помощью MinION. Команда ЧЗ идентифицировала более 30 000 транскриптов, из которых 30% предположительно являются новыми, в среднем по 2 изоформы на ген только из одного типа ткани. Они идентифицировали 38 неправильно сплайсированных изоформ транскриптов в 34 генах, обогащенных генами, связанными с функцией сердца, и выявили значительные различия в экспрессии многих изоформ, включая несколько мишеней RBM20. Ченчен отмечает, что по сравнению с традиционным секвенированием РНК этот подход позволяет напрямую указывать на аберрантные изоформы, не требуя при этом какой-либо реконструкции.