Отправка данных NGS в NCBI GEO: пошаговое руководство для начинающих. скачать в хорошем качестве

Отправка данных NGS в NCBI GEO: пошаговое руководство для начинающих.

Отправьте свои данные РНК-секвенирования в NCBI GEO для публикации! Пошаговое руководство по загрузке файлов FASTQ, обработанных матриц подсчета и метаданных — требований большинства научных журналов для обмена данными. 📚 ПОЛНЫЙ УРОК: https://ngs101.com/how-to-analyze-rna... ⏱️ ВРЕМЕННЫЕ МЕТКИ: 0:00 - Введение в платформы обмена данными NGS 3:10 - Подготовка метаданных для отправки в GEO 5:03 - Генерация контрольных сумм MD5 7:30 - Загрузка данных в GEO 🔬 ЧТО ВЫ УЗНАЕТЕ: ✅ Создание учетной записи NCBI и учетных данных доступа ✅ Правильная подготовка таблицы метаданных ✅ Генерация контрольных сумм MD5 для проверки целостности файлов ✅ Загрузка файлов через FTP (FileZilla или lftp) ✅ Настройка разрешения доступа к данным даты ✅ Генерация токенов доступа для рецензентов ✅ Устранение распространенных ошибок при отправке 📋 НЕОБХОДИМЫЕ ФАЙЛЫ: 1. Исходные FASTQ-файлы (сжатые gzip) 2. Обработанная матрица подсчета (экспрессия генов) 3. Таблица метаданных (образцы и методы) 4. Файл контрольной суммы MD5 5. Описание экспериментального протокола 🔧 НЕОБХОДИМЫЕ ИНСТРУМЕНТЫ: FileZilla или lftp - передача файлов по FTP md5sum - генерация контрольной суммы (Mac/Linux) Шаблон метаданных GEO (Excel) Учетная запись NCBI (бесплатно) 💡 ЗАЧЕМ ОТПРАВЛЯТЬ В GEO? → Требуется большинством журналов перед публикацией → Обеспечивает воспроизводимость и валидацию → Повышает видимость исследований и цитируемость → Интегрируется с NCBI SRA, PubMed, RefSeq 📊 ПОДГОТОВКА МЕТАДАННЫХ: Названия и описания образцов Экспериментальные группы и условия Платформа секвенирования и параметры Протокол подготовки библиотеки Подробности конвейера обработки данных 🎯 ОСНОВНЫЕ ШАГИ: 1. Загрузите шаблон метаданных из GEO 2. Заполните информацию об образцах (используйте примеры в качестве руководства) 3. Сгенерируйте контрольные суммы MD5 (команда md5sum) 4. Загрузите файлы через FTP в назначенную папку 5. Отправьте метаданные через веб-интерфейс 6. Установите дату публикации, совпадающую с датой публикации 💻 МЕТОДЫ ЗАГРУЗКИ ПО FTP: FileZilla (графический интерфейс, удобен для начинающих) lftp (командная строка, быстрее для больших наборов данных) Порядок загрузки: FASTQ → матрица подсчета → MD5 → метаданные ⚠️ РАСПРОСТРАНЕННЫЕ ОШИБКИ, КОТОРЫХ СЛЕДУЕТ ИЗБЕГАТЬ: → Загрузка несжатых файлов (используйте gzip!) → Отсутствие необходимых полей метаданных → Неправильные соглашения об именовании файлов → Несоответствие контрольных сумм MD5 → Использование не личного аккаунта Google (используйте постоянный адрес электронной почты!) 📺 НАВИГАЦИЯ ПО КУРСУ RNA-SEQ: ← Часть 11: Сплайсинг транскриптов -    • Transcript-Level Splicing Analysis: SUPPA2...   → Часть 13: Кольцевая РНК -    • Detect Circular RNAs from RNA-seq Data: CI...   📚 ЗАВЕРШЕНО ПЛЕЙЛИСТ:    • Complete RNA-seq Course: Zero to Publicati...   🔔 Подпишитесь: @NGS101-LearningHub 📧 Контрольный список для отправки данных в GEO: https://ngs101.com #NCBIGEO #DataSubmission #RNAseq #OpenScience #Bioinformatics #Publication #GEO