Отслеживание геномной адаптации фитофтороза восточного фундука на северо-западе Тихоокеанского ре... скачать в хорошем качестве

Отслеживание геномной адаптации фитофтороза восточного фундука на северо-западе Тихоокеанского ре...

Восточная фитофтора фундука (EFB), вызываемая грибковым патогеном Anisogramma anomala, представляет собой серьезную угрозу для производства фундука в Соединенных Штатах. После десятилетий эффективной борьбы с болезнью с использованием сортов, несущих единственный локус устойчивости «Gasaway», в 2022 году в Орегоне был выявлен новый штамм, способный преодолеть эту устойчивость. Учитывая, что на северо-западе Тихоокеанского региона производится 99% товарного фундука в США, появление этого штамма вызвало значительную обеспокоенность среди производителей и исследователей. В этом видео описывается, как секвенирование Oxford Nanopore использовалось для получения высококачественных геномных сборок с длинными прочтениями от множества изолятов A. anomala, включая недавно идентифицированный агрессивный штамм. Данные с длинными прочтениями были собраны в геномы размером приблизительно 344 Мб, организованные в девять предсказанных хромосом, что позволило провести детальное сравнение агрессивных и неагрессивных изолятов. Продукция Oxford Nanopore Technologies предназначена только для исследовательских целей.