Разработка связывающего белка вещества с помощью RFDiffusion3 скачать в хорошем качестве

Разработка связывающего белка вещества с помощью RFDiffusion3

В этом обучающем видео от Tech Tea Time Рафи Брент (лаборатория Бейкера, Вашингтонский университет) представляет RFDiffusion3 (RFD3) и подробно рассматривает практические рабочие процессы проектирования белковых связывающих агентов. RFD3 — это полноатомная модель проектирования белков, которая выдает координаты основной цепи, а также координаты атомов боковых цепей, последовательности и ротамеры. Рафи рассказывает о том, как RFD3 поддерживает широкий спектр модальностей, встречающихся в PDB (включая лиганды и другие компоненты), и как можно использовать атомарную обработку для управления проектированием белково-белковых взаимодействий. Темы включают: Что означает «всеатомный» подход в RFD3 и что вы получаете из этой модели Горячие точки на атомном уровне и как выглядит адгезия на практике Условные параметры центра масс (включая определение разумного расположения на основе горячих точек) Спецификация входных данных с помощью синтаксиса YAML/JSON и «контекстной строки» Практические флаги и варианты рабочего процесса (включая температуру выборки и опцию «без циклов») Стратегии фильтрации и компромисс между проектируемостью и разнообразием Обсуждение и вопросы-ответы по ограничениям, метрикам бенчмаркинга/рефолдинга и перепроектированию с помощью ProteinMPNN Докладчик: Рафи Брент, лаборатория Бейкера, Вашингтонский университет Скачать: https://github.com/RosettaCommons/fou...