PyRosetta, RosettaScripts и RosettaLink скачать в хорошем качестве

PyRosetta, RosettaScripts и RosettaLink

Rosetta — одна из старейших библиотек для проектирования белков, до сих пор широко используемая. Впервые выпущенная в 2003 году, она внесла фундаментальный вклад в исследования, отмеченные Нобелевской премией по химии 2024 года. Однако актуальна ли Rosetta в эпоху проектирования белков с помощью ИИ? Я считаю, что да: с тремя основными архитектурными обновлениями и богатой историей разработки Rosetta воплощает важные принципы проектирования, которые остаются весьма поучительными для любой современной системы проектирования белков. Более того, с некоторыми улучшениями она может продолжать служить и развиваться вместе с новым поколением исследователей. Я начну с краткого представления двух наиболее широко используемых интерфейсов Rosetta. PyRosetta — это интерфейс на основе Python, который обеспечивает полный доступ к функциональности Rosetta и предлагает максимальную гибкость. Однако эта мощь достигается за счет более крутой кривой обучения. RosettaScripts, напротив, — это предметно-ориентированный язык для проектирования белков, выраженный в формате XML. Он обеспечивает четкую абстракцию распространенных задач проектирования с помощью таких компонентов, как Movers, ResidueSelectors и SimpleMetrics. Протоколы RosettaScripts предлагают практичный компромисс между удобством использования и выразительными возможностями, позволяя создавать сложные рабочие процессы без необходимости глубокого знания базового кода. Наконец, я представлю RosettaLink, проект, направленный на интеграцию современных инструментов на основе ИИ непосредственно в экосистему Rosetta. RosettaLink предоставляет легковесные оболочки, написанные на Python, которые позволяют беспрепятственно использовать внешние модели ИИ как в PyRosetta, так и в RosettaScripts. Такой подход способствует быстрой разработке и внедряет передовые вычислительные методы в существующие рабочие процессы Rosetta. Докладчик: Аяся Любетич из Национального института химии, Словения Скачать: https://rosettacommons.org/software/d... Colab: https://colab.research.google.com/dri... Презентация: https://drive.google.com/file/d/1dEmm... Интересуетесь серией статей о рабочих процессах проектирования белков? Присоединяйтесь к списку рассылки по адресу https://groups.google.com/g/protein-d...