Одиночные клетки и пространственная омика: краткое введение в основные концепции scRNA-seq и мног... скачать в хорошем качестве

Одиночные клетки и пространственная омика: краткое введение в основные концепции scRNA-seq и мног...

Краткое введение в основные концепции омических данных отдельных клеток и пространственных омических данных. Я начну с описания того, как эти типы данных соотносятся с обычными омическими данными и отличаются от них, а также кратко объясню типичные экспериментальные рабочие процессы, используемые для получения таких данных. Затем я расскажу о некоторых вычислительных аспектах анализа данных отдельных клеток, включая объединение клеток, кластеризацию для определения типов клеток и концепцию псевдовремени. Наконец, я кратко расскажу о том, как анализ пространственных омических данных соотносится с анализом изображений. 0:00 Введение: напоминание об омикс-технологиях и введение в данные об отдельных клетках и пространственные данные 0:42 Рабочий процесс с отдельными клетками: диссоциированная культура клеток, изоляция отдельных клеток, омикс-технологии на отдельных клетках, UMI и мультиплексирование 2:24 Пространственный рабочий процесс: захват in situ, пространственное индексирование, пространственное РНК-секвенирование, разрешение отдельных клеток и лазерная микродиссекция 3:48 Вычислительный анализ: отдельные клетки против массивов данных, клетки против образцов, объединение, кластеризация типов клеток, псевдовременная реконструкция и анализ пространственных паттернов