Джеферид Йепес-Гарсия: Показатели качества метагенома и визуализация таксономических аннотаций... скачать в хорошем качестве

Джеферид Йепес-Гарсия: Показатели качества метагенома и визуализация таксономических аннотаций...

Метрики качества метагенома и визуализация таксономической аннотации с помощью BIgMAG/MAGFlow Джеферид Йепес-Гарсия — аспирант, Университет Фрибурга Соавторы: Джефферид Йепес-Гарсия, Лоран Фальке Создание метагеномных сборок геномов (MAG) на основе сложных наборов метагеномных данных включает в себя ряд этапов, от очистки последовательностей до их сборки и окончательной группировки в группы. В ходе процесса используется множество инструментов для оценки качества и целостности каждой MAG. Тем не менее, даже при интеграции в сквозные конвейеры, результаты работы этих программных компонентов необходимо визуализировать и анализировать вручную, что исключает интеграцию в полноценную систему. Мы разработали конвейер Nextflow (MAGFlow) для оценки качества MAG с помощью различных подходов (BUSCO, CheckM2, GUNC и QUAST), а также для таксономической аннотации метагеномов с помощью GTDB-Tk2. MAGFlow сопряжен с приложением Python–Dash (BIgMAG), которое отображает объединенные результаты инструментов MAGFlow, выделяя наиболее важные метрики в единой интерактивной среде, а также выполняя сравнение/кластеризацию входных данных. Используя MAGFlow/BIgMAG, пользователь сможет сравнивать MAG, полученные с помощью различных рабочих процессов, или определять качество MAG, принадлежащих разным образцам, используя методологию «разделяй и властвуй». MAGFlow/BIgMAG представляет собой уникальный инструмент, объединяющий в себе передовые инструменты для изучения различных метрик качества и визуального извлечения максимального объема информации из широкого спектра характеристик генома. Виртуальный саммит Nextflow 2025 https://summit.nextflow.io/2025/virtu...