Мастер-класс 2: Разработка грунтовки (инструменты: Primer 3/ Primer3Plus) скачать в хорошем качестве

Мастер-класс 2: Разработка грунтовки (инструменты: Primer 3/ Primer3Plus)

Мастер-класс «Проектирование с использованием Primer (инструменты: Primer 3/ Primer3Plus)», представленный моими студентами Габесом Икрамом, Бенхалимой Ибтиссем и Зидуром Вафаа, был создан с помощью искусственного интеллекта. Цели данного семинара: Общие цели разработки праймеров К концу изучения данной темы студенты должны уметь: *Понимать принципы разработки ПЦР-праймеров и их важность в молекулярной биологии и биоинформатике *Объяснять, как свойства праймеров влияют на специфичность, эффективность и воспроизводимость ПЦР *Выявлять распространенные ошибки в разработке праймеров и прогнозировать их экспериментальные последствия -- Цели обучения, ориентированные на биоинформатику: Студенты должны уметь: *Извлекать последовательности ДНК (в формате FASTA) из общедоступных баз данных (NCBI, Ensembl, IMGT) *Определять целевые регионы для амплификации (гены, экзоны, SNP, промоторы) *Использовать интерфейсы Primer3 / Primer3Plus для разработки ПЦР-праймеров in silico *Интерпретировать выходные файлы Primer3 и оценивать качество праймеров -- Технические цели использования Primer3 / Primer3Plus *Студенты должны Уметь: *Установить соответствующие параметры проектирования праймеров, включая: *Длина праймера *Температура плавления (Tm) *Содержание GC *Размер ампликона *Избегать проблем проектирования праймеров, таких как: *Шпилечные структуры *Самодимеры и кроссдимеры *Повторяющиеся последовательности Исправленные ошибки в упражнении 1: 01:58 мин: В вопросе 2 нас просят вручную выбрать праймеры из последовательности, которая формирует наш полиморфизм (последовательность, извлеченная из базы данных SNP «вопрос 1»), затем мы проверяем эти праймеры в UCSC (вопрос 2). Вот праймеры, извлеченные вручную. 5’ TGAGCCCAGCCACCCCAG 3’ 5’..TGAGCCCAGCCACCCCAGCCACTCTGTCCCCTGCTGCCTCCTGACCAAGCCTCCTCCTCCTCCAGCTGTAACGTGGTGGCCATCCCTGGGAATGCAAGCA[T/G]GGATGCAGTCTGCACGTCCACGTCCCCCACCCGGAGTATGGCCCCAGGGGCAGTACACTTACCCCAGCCAGTGTCCACACGATCCCAACACACGCAGCCA…3’ 3’ TCCCAACACACGCAGCCA 5 ’