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De l'échantillon biologique au fichier fastq : Contrôler la qualité de vos séquençages

Dans cette vidéo complémentaire de notre série sur l'utilisation de Linux en bioinformatique, nous présentons quelques contrôles qualité clés des fichiers FASTQ obtenus en sortie de séquençage. À travers des exemples concrets, découvrez comment utiliser le logiciel FastQC pour effectuer un contrôle rapide et efficace de vos séquences d'ADN ou d'ARN. Nous abordons les étapes clés pour identifier les éventuels problèmes de qualité, de longueur des reads et de contamination, illustrant l'importance de cette étape avant toute analyse bioinformatique poussée. Cette vidéo est idéale pour les biologistes, les bioinformaticiens et toute personne impliquée dans le séquençage et l'analyse de données génomique 0:00 - Intro et importance d'un contrôle qualité rapide 1:08 - FastQC : ouverture d'un fichier FASTQ (reads appariés) 1:57 - Exemple 1 2:04 - Le nombre de reads (statistiques de base) 2:33 - La qualité des bases selon leur position sur les reads 3:51 - La distribution des longueurs des reads 4:35 - Les séquences sur-représentées 5:05 - Exemple 2 (très peu de reads, de faible qualité) 6:45 - Exemple 3 (un séquençage de qualité) 8:44 - Résumé des 3 exemples Lien vers l'outil FastQC: https://www.bioinformatics.babraham.a...