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Des données brutes à la découverte dans Gene Expression Data from GEO

Gene Expression Omnibus (GEO), une archive publique internationale gérée par le NCBI qui centralise les données génomiques fonctionnelles issues de micropuces et du séquençage à haut débit. Elles détaillent l'utilisation de GEO2R, une application interactive permettant d'identifier des gènes différentiellement exprimés grâce à des outils statistiques comme limma et DESeq2. Les textes expliquent également les protocoles rigoureux pour soumettre des données, incluant la gestion des métadonnées, des fichiers bruts et des sommes de contrôle MD5. Plusieurs approches de programmation sont abordées, notamment l'usage de bibliothèques comme GEOquery, GEOfetch ou GEOparse pour automatiser le téléchargement et le traitement des résultats. Enfin, des tutoriels pratiques illustrent comment nettoyer et visualiser les profils d'expression pour des études biomédicales spécifiques.