Расчет сферической радиальной функции распределения атомов g(r) в VMD скачать в хорошем качестве

Расчет сферической радиальной функции распределения атомов g(r) в VMD

Этот плагин предоставляет простой графический пользовательский интерфейс для команд measure gofr и measure rdf в VMD, которые вычисляют сферическую радиальную функцию распределения атомов g(r) между координатами атомов в двух выбранных областях на заданной траектории или ее подмножестве. Необходимо, чтобы траектория уже была загружена в VMD, и чтобы у вас была возможность либо просмотреть результирующую g(r) и/или соответствующий числовой интеграл в окнах MultiPlot, либо записать результат вычисления в файл. Примечания: Необходимо определить области выбора (по умолчанию пусто). Типичные радиальные функции распределения вычисляются между элементами (одинаковыми или разными), но благодаря возможностям синтаксиса языка выбора VMD можно вычислять и очень сложные функции распределения. Нормализация g(r) имеет мало смысла, если вы не включите обработку периодических граничных условий и не используете фиксированный набор атомов в выбранной области. Числовые интегралы вычисляются напрямую и, следовательно, обеспечивают точные координационные числа. Вы можете использовать диалоговое окно «Задать размер ячейки» из меню «Утилиты», чтобы задать информацию о ячейках моделирования для всех кадров текущей молекулы. Выходной файл, созданный с помощью опции сохранения, содержит три столбца: значение r, g(r) и числовой интеграл по g(r). Если в кадре выделенная область пуста, к сумме по всем кадрам добавляется пустая гистограмма. Краткое введение в радиальные функции распределения можно найти по адресу http://en.wikipedia.org/wiki/Radial_d.... Реализация CUDA с ускорением на графическом процессоре описана в этой статье: B.G. Levine, J.E. Stone and A. Kohlmeyer, "Fast Analysis of Molecular Dynamics Trajectories with Graphics Processing Units - Radial Distribution Function Histogramming", J. Comp. Phys, в печати, (2011) (http://dx.doi.org/10.1016/j.jcp.2011....) Для более подробного объяснения радиального распределения и парных корреляционных функций рекомендуются следующие учебники: Дж. П. Хансен и И. Р. Макдональд, Теория простых жидкостей, Academic Press, Лондон (1986) Дональд А. Маккуарри, Статистическая механика, University Science Books, 2-е переработанное издание (2000) Дэвид Чандлер, Введение в современную статистическую механику, Oxford University Press, США (1987)