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Claude Bernard reste mécaniste, mais il élargit le modèle de Descartes en montrant que le vivant n’est pas une machine inerte : grâce au milieu intérieur, il s’autorégule et maintient son équilibre. Lamarck cherche ensuite à expliquer l’évolution des espèces : selon lui, l’usage et le non-usage des organes modifient les organismes et ces caractères acquis se transmettent, produisant au fil du temps de nouvelles formes, mais sa vision reste linéaire et repose sur une tendance interne peu expliquée. Darwin corrige ce modèle : il montre que les individus présentent des variations héréditaires et que le milieu sélectionne les plus adaptées, ce qui, par accumulation, fait naître de nouvelles espèces, selon une logique ramifiée et non linéaire.