Исследовательский анализ данных в bash: использование cut, sort и uniq для подсчета элементов в з... скачать в хорошем качестве

Исследовательский анализ данных в bash: использование cut, sort и uniq для подсчета элементов в з...

В этом обучающем видео Пэт Шлосс показывает, как использовать grep, cut, sort и uniq для проведения базовых исследовательских анализов. Он продемонстрирует эти инструменты, пытаясь определить количество родов, представленных в rrnDB. Мы также используем эти инструменты для поиска уникального идентификатора последовательности и, в конечном итоге, создадим таблицу, связывающую каждую уникальную последовательность в rrnDB с последовательностью генома. Эта таблица будет важна для определения степени, в которой межгеномные и внутригеномные вариации ограничивают интерпретацию вариантов последовательностей ампликонов (ASV; также известных как точные варианты последовательностей или ESV) для различных участков гена 16S рРНК. Это важный вопрос для исследователей микробиома. Пэт демонстрирует эти концепции, кодируя в режиме реального времени в интерфейсе командной строки с помощью RStudio, GitHub Flow и make. Затем он предлагает зрителям выполнить несколько заданий, чтобы ответить на связанные вопросы, и в заключение предлагает свои решения. Сопровождающая запись блога содержит упражнения и решения, которые можно найти по адресу http://www.riffomonas.org/code_club/2.... Big Swing Band от Audionautix лицензирован по лицензии Creative Commons Attribution (https://creativecommons.org/licenses/.... Исполнитель: http://audionautix.com/