Технология Fiber-seq удваивает нормативно-правовую базу для кукурузы | PAG 2026 скачать в хорошем качестве

Технология Fiber-seq удваивает нормативно-правовую базу для кукурузы | PAG 2026

Узнайте, как Fiber-seq выявляет более 50 000 регуляторных элементов, невидимых для традиционных методов определения доступности хроматина. В этой презентации с конференции PAG 2026 Кристин Квейч, доктор философии, делится результатами, которые удваивают наше понимание регуляции генов кукурузы. Короткие методы секвенирования, такие как ATAC-seq, пропускают регуляторные элементы размером менее 200 bp и те, которые имеют более низкую степень связывания с белком. Используя Fiber-seq с поддержкой PacBio, лаборатория Квейч идентифицировала более 107 000 доступных регионов хроматина в кукурузе, половина из которых невидима для обычных методов анализа. Работа также выявляет регуляторную активность в LTR-ретротранспозонах и подтверждает гипотезу Барбары Макклинток об активации транспозонов в гибридах. Что вы узнаете Выявление регуляторных элементов, которые не может обнаружить ATAC-seq с короткими прочтениями Разрешение паттернов доступности хроматина на уровне отдельных молекул в геномах растений Применение Fiber-seq для обнаружения энхансеров и промоторов, полученных из транспозонов Анализ регуляторных ландшафтов с разрешением по гаплотипам в гибридах кукурузы Приглашенные докладчики Кристин Квейч, PhD (Университет Вашингтона, кафедра геномных наук) Разделы 00:00 Введение: Fiber-seq позволяет выявлять множество регуляторных особенностей 02:49 Визуализация доступности хроматина на уровне отдельных молекул 03:53 Почему длинные прочтения важны для геномов растений 04:56 Fiber-seq удваивает регуляторный ландшафт кукурузы 05:31 Что пропускает ATAC-seq: короткие регуляторные элементы 07:00 Регуляторная активность ретротранспозонов LTR 09:46 За пределами пиков: Паттерны ACR и машинное обучение 11:45 Контекстный UMAP улавливает особенности регуляторных элементов 13:45 Гибриды кукурузы и гипотеза Барбары Макклинток 16:30 Резюме: Взгляд на регуляцию генов с точки зрения отдельных молекул Ресурсы Обзор Fiber-seq: https://www.pacb.com/technology/fiber... Fiber-seq для эпигеномных приложений: https://www.pacb.com/applications/epi... Геномика растений и животных: https://www.pacb.com/applications/pla... Bubb & Hamm et al., Nature Plants, 2025 (упомянутая публикация) Какие регуляторные регионы в вашей любимой культуре могут скрываться от методов анализа коротких прочтений? Оставляйте комментарии ниже. Подписывайтесь на канал PacBio, чтобы получать больше контента о геномике: https://www.youtube.com/@PacificBiosc... Узнайте больше о PacBio на сайте https://pacb.com/ Юридическая информация и товарные знаки: https://www.pacb.com/legal-and-tradem... #Fiberseq #PlantGenomics #Epigenomics